กว่าหนึ่งศตวรรษหลังจากตอนจบของซีซันแรก ความตึงเครียดได้ก่อตัวขึ้นทั่วทั้งกาแลคซีในซีซันที่สอง ขณะที่คลีออนคลี่คลาย ราชินีผู้พยาบาทวางแผนทำลายจักรวรรดิจากภายใน Hari, Gaal และ Salvor ค้นพบอาณานิคมของ Mentalics ที่มีความสามารถด้าน psionic ซึ่งคุกคามที่จะเปลี่ยนแปลงประวัติศาสตร์ทางจิต มูลนิธิได้เข้าสู่ขั้นตอนทางศาสนา ประกาศใช้คริสตจักรแห่งเซลดอนไปทั่วขอบเขตภายนอก และยุยงให้เกิดวิกฤตครั้งที่สอง: สงครามกับจักรวรรดิ