เป็นครั้งแรกที่เหล่ามนุษย์กลายพันธุ์ อาทิ วูลฟ์เวอรีน (ฮิวจ์ แจ๊คแมน) สตอร์ม (ฮัลลี่ เบอร์รี่) ชาร์ลส์ เซเวียร์ (แพตทริค สจ๊วต) แม็กนีโต (เอียน แม็กเคลเล็น) จีน เกรย์ (เฟ็มเก้ เจนเซ่น) ไซคลอพส์ (เจมส์ มาร์สเด็น) มิสทีก (รีเบ็กก้า โรมิน) โร้ก (แอนนา พาควิน) ไอซ์แมน (ชอว์น แอชมอร์) ไพโร (แอรอน สแตนฟอร์ด) และ โคลอสซัส (แดเนียล คุดมอร์) จะได้เลือกว่า หากพวกเขายังคงรักษาคุณลักษณะพิเศษเฉพาะตัวไว้ ก็ต้องแยกตัวออกไปใช้ชีวิตเป็นเอกเทศ ไม่ข้องเกี่ยวกับสังคมคนธรรมดา หรือมิฉะนั้น พวกเขาก็ต้องยอมลบล้างพลังพิเศษของพวกเขาแล้วใช้ชีวิตเยี่ยงปุถุชน ส่วนผู้นำกลุ่มมนุษย์กลายพันธุ์ที่คิดต่างกันคนละขั้ว คือ ชาร์ลส์ เซเวียร์ ซึ่งสนับสนุนการทนใช้ชีวิตอยู่ร่วมสังคมเดียวกัน กับ แม็กนีโต ที่เชื่อว่าผู้ที่แข็งแกร่งที่สุดเท่านั้น ถึงจะสมควรใช้ชีวิตอยู่ได้ ตัดสินใจเข้าห้ำหั่นประลองฝีมือกัน หมายใช้สงครามยุติความขัดแย้งทั้งปวง